La Chiesa di Sant'Agata al Carcere è costruita sulle mura spagnole (mura di Carlo V) del XVI secolo che delimitavano la città di Catania. Secondo la tradizione in questo luogo venne tenuta prigioniera Sant'Agata prima di subire il martirio.

La chiesa presenta elementi relativi a secoli diversi. La parte prospettuale risale al XVIII secolo in quanto venne distrutta dal terremoto del 1693. La facciata è pertanto in stile barocco siciliano ma in essa è stato inserito l'antico portale in stile romanico recuperato dalla precedente costruzione. Esso è realizzato in marmo bianco con arco a tutto sesto, retto da sei pilastri ricoperti in mosaico di marmo con figure e simbologie bibliche. L'interno è realizzato in due stili diversi. La parte anteriore, ricostruita dopo il terremoto, è barocca con volta a botte, mentre la parte absidale è costituita dalla costruzione cinquecentesca con tetto a crociera poggiato su colonne sormontate da capitelli corinzi. La pala dell'altare maggiore rappresenta il Martirio di Sant'Agata di Bernardino Niger. Vicino all'altare del Crocefisso si trovano due lastre di pietra lavica che secondo la tradizione apparterrebbero a Sant'Agata che quì venne imprigionata, nel gennaio del 251, prima di subire il martirio; in una di queste sono impresse le orme di due piedi che secondo la tradizione avrebbe lascia la santa catanese. Nella stessa chiesa è conservata la cassa in cui erano contenute le reliquie di Sant'Agata riportate a Catania, da Costantinopoli, dai soldati Gisliberto e Goselmo nel 1126, dopo un'assenza di oltre 86 anni. In un locale di epoca romana attiguo alla chiesa esiste quello che è considerato il carcere di Sant'Agata da cui discende la denominazione della chiesa.