La Chiesa di San Pietro è secondo tempio della città di Modica, importante tanto quanto la Chiesa di San Giorgio (è meglio evitare graduatorie quando si tratta delle due mater ecclesia della città).
Collocata nel cuore della città bassa si pone come polo visivo lungo l’itinerario della via principale, contornata da palazzi e conventi, a ridosso del Castello dei Conti di Modica, che domina sull’altura. Per l’attuale struttura architettonica il terremoto del 1693 si pone come momento iniziale, così come lo è per buona parte dell’architettura tardobarocca del Val di Noto. La chiesa subì parecchi danni e andarono dispersi i documenti relativi alla storia della chiesa nel corso dei precedenti secoli. L’origine, molto probabilmente, risale all’epoca di San Marziano, discepolo di San Pietro e primo vescovo di Siracusa. Si racconta che nella chiesa si conserva un blocco di calcare duro in forma di sedia vescovile chiamato Cattedra di San Marziano e che tale cattedra fu fatta seppellire dinanzi al fonte battesimale della chiesa. Il legame con San Marziano è confermato da un documento che si riferisce a un altare dedicato al Santo Vescovo nel 1480. La prima notizia relativa alla chiesa risale al 1308.

La ricostruzione della chiesa cominciò qualche anno dopo il sisma, nel 1697, e il progetto e la direzione dei lavori vennero affidati ai capimastri Mario Spata e Rosario Boscarino e, per la tempestività nei lavori di restauro la chiesa potè contare sulle rendite dei legati istituiti durante il secolo XVII da Donna Petra Mazzara e da Donna Agata Caggia, nonché su altri legati da parte di aristocratici dell’epoca.
La chiesa è a tre navate e fu ricostruita sulle stesse fondamenta della chiesa del Seicento. Dell’edificio seicentesco rimane, all’interno, la Cappella dell’Immacolata, attualmente sacrestia, dove è ancora leggibile la data 1620.
La cappella è un vano quadrangolare con un’interessante copertura che rimanda a modelli costruttivi rinascimentali, analoghi a quelli della volta della cappella di San Mauro all’interno della Chiesa di Santa Maria di Betlem.

I lavori di costruzione e decorazioni continueranno fino alla fine dell’Ottocento e oltre se si considera l’ultimo intervento della chiesa: la costruzione dell’organo, sistemato sopra il portale d’ingresso.
La sistemazione della scalinata esterna a rampe rettilinee è il risultato di vari adattamenti che si concludono nel 1876.
Sono molti gli elementi interessanti dell’architettura. Innanzitutto la facciata con una superficie piana resa elegante dalle lesene diamantate del primo ordine e a losanga del secondo ordine, dalla minuta decorazione del finestrone centrale, dalle volute di raccordo a motivi floreali, dalle statue sistemate sul primo ordine e nella cuspide.
Il valore estetico più rilevante dell’interno è dato dall’ampio respiro spaziale della navata centrale rischiarata da grandi finestre laterali e da delicati stucchi ottocenteschi; l’abside è resa monumentale dalle colonne binate con una impaginazione ancora seicentesca nel disegno, dagli altari incorniciati da colonne tortili e da tutte le opere di scultura, pittura, oreficeria conservate nella chiesa.
In primo luogo la Madonna di Trapani, posta nella cappella di destra, un’opera in marmo riferibile al sec. XVI: una madre che offre un frutto al Bambino che tiene in braccio, lo sguardo rivolto in avanti, il collo leggermente allungato, la bocca socchiusa e i capelli sciolti sulla veste a fiori.
Un riferimento particolare va fatto all’oreficeria. L’urna reliquiaria in argento reca la data 1643. Anche se, per il momento, mancano le fonti, la data può essere accettata, tenendo conto dell’impianto “architettonico” e dell’iconografia dei dodici apostoli che sono rappresentati in altorilievo sui quattro lati in nicchie incorniciate da lesene con cariatidi.

Nella nicchia sull’altare maggiore si trova una scultura lignea policroma dell’Immacolata. La statua firmata e datata è resa in forme dinamiche dalle le ricche vesti. Il volto è incorniciato da un fazzoletto che lascia liberi i lunghi capelli di Maria. Tra le vesti compare in basso la testa del serpente. Ai lati dell’Immacolata, all’interno, di due nicchie le statue di San Pietro e San Paolo. Tutte le sculture sono opera di Pietro Padula un artista di indubbia qualità, napoletano, che le eseguì tra il 1773 e il 1775. Intorno agli anno ’80 del Settecento il pittore Giovan Battista Ragazzi affrescherà i riquadri della volta con scene e figure del Vecchio Testamento. Due interessanti tele secentesche anonime sono presenti all’interno della cappella Mazzara, la prima cappella della navata sinistra dedicata alla nobildonna che aveva lasciato per testamento parte del proprio patrimonio e delle rendite alla Chiesa di San Pietro. All’interno della cappella Mazzara e in alto sulla parete di fondo dell’abside è presente lo stemma gentilizio della Famiglia Mazzara composto da una mezzaluna e da una campana, all’interno della chiesa è inoltre riprodotto quasi ossessivamente il simbolo della chiesa di Roma con la tiara pontificia e le chiavi di San Pietro per ribadire l’antichità di questa architettura e soprattutto il legame con uno dei primi discepoli di San Pietro, il Santo Vescovo Marziano.